O primeiro método é simplesmente escrever o código dentro do de HTML. Para isto deve-se colocar dentro da tag <head> ou <body> (a qual preferires) a tag <script>. Esta trabalha como a <style> para o CSS, todo o código que colocares dentro da tag <script> será feito em JavaScript.
O segundo método é mais organizado. Neste colocas o código num ficheiro, com a extensão de JavaScript (js), separado do código de HTML. A seguir importas o código de JavaScript para o de HTML. O teu código devera ficar algo parecido com isto:
<script src="ficheiro.js"> </script>
Usando a atributo src, importa-se o ficheiro de código de JavaScript para o de HTML e assim, tal como no exemplo, crias uma pagina web com a adição de código JavaScript. Espero que esta informação tenha sido útil. Até à próxima!