O projeto Jenkins foi originalmente chamado de Hudson e foi renomeado após uma disputa com a Oracle , que havia bifurcado o projeto e reivindicado os direitos sobre o nome do projeto. O fork da Oracle, Hudson , continuou a ser desenvolvido por um tempo antes de ser doado à Eclipse Foundation . O Hudson da Oracle não é mais mantido e foi anunciado como obsoleto em fevereiro de 2017.
Por volta de 2007, o Hudson tornou-se conhecido como a melhor alternativa ao Cruise Control e outros servidores de compilação de código aberto. Na conferência JavaOne em maio de 2008, o software ganhou o Duke's Choice Award na categoria Developer Solutions.
Em novembro de 2010, após a aquisição da Sun Microsystems pela Oracle , surgiu um problema na comunidade Hudson com relação à infraestrutura usada, que passou a abranger questões sobre a administração e controle da Oracle. As negociações entre os principais contribuintes do projeto e a Oracle ocorreram e, embora houvesse muitas áreas de acordo, um ponto chave foi a marca registrada "Hudson", depois que a Oracle reivindicou o direito ao nome e solicitou uma marca registrada em dezembro de 2010 Como resultado, em 11 de janeiro de 2011, uma chamada para votos foi feita para alterar o nome do projeto de "Hudson" para "Jenkins". A proposta foi aprovada por esmagadora maioria por votação da comunidade em 29 de janeiro de 2011, criando o projeto Jenkins.
Em 1º de fevereiro de 2011, a Oracle disse que pretendia continuar o desenvolvimento do Hudson e considerou o Jenkins um fork em vez de uma renomeação. Jenkins e Hudson, portanto, continuaram como dois projetos independentes, cada um afirmando que o outro é a bifurcação. Em junho de 2019, a organização Jenkins no GitHub tinha 667 membros do projeto e cerca de 2.200 repositórios públicos, em comparação com os 28 membros do projeto de Hudson e 20 repositórios públicos com a última atualização em 2016.
Em 2011, o criador Kohsuke Kawaguchi recebeu o prêmio O'Reilly Open Source por seu trabalho no projeto Hudson / Jenkins.
Em 20 de abril de 2016, a versão 2 foi lançada com o plug-in Pipeline habilitado por padrão. O plugin permite escrever instruções de construção usando uma linguagem específica de domínio baseada no Apache Groovy .
Jenkins substituiu Hudson desde 8 de fevereiro de 2017 no Eclipse.
Em março de 2018, o projeto de software Jenkins X para Kubernetes foi apresentado publicamente, com suporte para diferentes provedores de nuvem, incluindo AWS EKS, entre outros.
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